污水用的消毒藥劑有以下幾種：
一、二氧化氯成品消毒藥劑，高含量，醫院消毒常用的消毒藥劑之一，安全方便，易于操作。
二、鹽酸和氯酸鈉，現場制備消毒藥劑，采購是需要辦理一系列的手續，比較繁瑣，儲存時要看管好，加藥的計量需要每天記錄。

醫療廢水消毒多長時間比較合適？

醫療廢水的消毒時間根據醫院的性質相關，以醫院用二氧化氯成品消毒劑為例，綜合性醫院的污水處理一般消毒半小時到一小時之間就可以排放，傳染性等特殊性的醫院污水在藥量加大的情況下，時間要在一小時之上才可以排放。

醫療污水處理的余氯含量多少算是達到環保指標?有沒有什么簡單的方法(如比色卡)就能測出來的?

根據《醫療機構水污染物排放標準》
總氯排放限值值為：0.5mg/L（日均）

注：
醫院廢水處理如用含氯消毒劑進行消毒，工藝控制要求為：

排放標準：消毒接觸池接觸時間大于等于一小時，接觸池出口
總余氯3-10mg/L
預處理標準：消毒接觸池接觸時間大于等于一小時，接觸池出口
總余氯2-8mg/L
其他消毒劑對總余氯不作要求。

檢測方法上標準給出的是采用NN二乙基14苯二胺分光光度法和NN二乙基14苯二胺滴定法進行測定
當然你還可以采用氯離子測定儀進行測試，不過這儀器也需要相當資金投入，你提到的試紙比色卡等方法還處于研究當中。