生物過濾箱采用的過濾材料是生物球、多孔玻璃陶瓷環、陶瓷柱等，它主要是過濾水中的氨、亞硝酸鹽等，它是利用硝化細菌的生命活動，將溶于水中的氨、亞硝酸鹽轉化為對魚類無害的硝酸鹽、氮氣等，這是海水更深層次的過濾，也是海水的第三級過濾。海水經過三級過濾后，水中的不溶性雜質和溶于水的有害物質，都會被有效地過濾清除掉，只有這樣的海水，才可長期飼養海水觀賞魚
。|||在海水魚水族箱中，使用的過濾材料較多，除了活性碳、珊瑚砂、海綿等，還有生物球、多孔玻璃陶瓷環、陶瓷柱等。生物球是一種塑料材料制成的中空球體，它的表面積較大，可以大量的附著硝化細菌。水流經過時不會產生阻力，中空的結構可將水分成細流，并將大塊的污垢擊碎，過濾效果極好。由于生物球重量輕，攜帶方便，它是海水中生化過濾系統的主要過濾材料。多孔玻璃陶瓷環也是一種多孔的結構，內部孔系發達互相連通，中空的柱形構造可很容易地將大塊污垢擊碎，過濾效果很好。|||蓄水箱主要用來貯存三級過濾后的海水，它里面配備一只機械泵，將循環過濾后的海水送入水族箱中。海水觀賞魚的飼養成功，分為兩個階段。第一階段是由于人工海水配制技術的進步，使海水觀賞魚的飼養變為可能；第二階段是由于海水生物過濾系統的完善，使海水觀賞魚在水族箱中長期飼養變為現實，它們相輔相成，促使海水觀賞魚的飼養技術更上一層樓。|||生物球的過濾分為三個階段：水族箱中的異氧菌，以水中殘餌、魚類的排泄物等為養料，將其中的蛋白質和核酸分解成二氧化碳和氨。整個過程就是把有機氮化合物分解成無機物，它的結果是將水中殘餌、魚類糞便等腐敗物，轉化為二氧化碳和氨，這就是生物過濾的初級階段。接著水中的好氧性細菌，利用二氧化碳為能源
，由脫氨菌將氨氣氧化為亞硝酸鹽，再由硝化細菌把亞硝酸鹽氧化為硝酸鹽，這是生物過濾的第二階段。最后由異氧性細菌和好氧性細菌，把硝酸鹽和亞硝酸鹽還原為氧化氮和水等無機性氮素，完成生物過濾的最后階段。它們是同步進行的，這是一種復雜的生物化學過程，它的速度是緩慢勻速進行的，它的結果是有效地將水中有害物轉化為無害物，從而使水質具備了一種自凈能力，這就是生物過濾系統的功效。|||以生物球為主要過濾材料的過濾器,滴流式過濾器多數放在水族箱內，生物球放在上端開口的容器內，上面鋪放海綿，生物球的下方有一個充氧的氣石，盛放生物球的容器下方有一個出水口，緊連旁邊的蓄水容器，容器底部有一個水泵。水泵工作時，污水由生物球的上方淋漓而下，經生物球過濾后，由底部流出。整個工作過程中，生物球并不浸沒水中，而是裸露在空氣中，過濾效果很好。生物球的數量約占水族箱中水容量的510％，這樣過濾質量更好。|||海水魚水族箱的體積較大，水容量較多，因此海水的過濾系統都是采用箱外過濾器。海水的過濾系統較淡水過濾系統更復雜，它是采用一個聚氯乙烯材料制作的生化過濾箱，里邊被隔為四個小箱，分別用作粗過濾、細過濾、生物過濾和蓄水箱。粗過濾箱采用的過濾材料是底砂、珊瑚砂、海綿等，它主要是過濾水中的大顆粒雜質，如殘餌或魚類排泄物，海綿要經常拿出清洗，這也是海水的第一級過濾。細過濾箱采用的過濾材料是活性碳和離子交換樹脂，它主要是過濾溶于水中的金屬離子、有機物顆粒、臭氣等，這是海水的深層次過濾，水色會變得澄清，這是海水的第二級過濾。