消毒是醫院污水處理過程中的重要環節，氯系消毒劑主要有：液氯、次氯酸鈉、次氯酸鈣（漂白粉）、二氯異氰尿酸鈉、二氧化氯等。液氯的有效氯含量一般為98-99%,；ClO2的有效氯含氯量一般為12%；次氯酸鈉的有效氯含氯量一般為8-12%，次氯酸鈣（漂白粉）的有效氯含氯量一般為25左右，二氯異氰尿酸鈉稱為氯精，有效氯含氯量最高可達到60%，加氯量多多少視其醫院污水性質、和污染程度而定。如果醫院污水采用氯系消毒劑殺菌，最簡單的辦法是檢測氯氯量，如果余氯量達到綜合性醫院達到4-5mg/L,傳染病醫院污水達到6-94-5mg/L，再加上停留時間保證1.5小時，消毒效果保證達標。