腐熟的有機肥一般需要兩個階段，即第一次高溫堆肥腐熟發酵階段和第二次陳化階段。不穩定的有機物通過腐熟過程，通過微生物作用下，轉化成穩定的腐殖質。其溫度變化可以界定是否腐熟。
先說說第一階段：通過配比原料基質，肥堆高氧吸收，產生高溫，可降解揮發性固體大量減少，臭味逐漸降低，肥堆顏色逐漸變化，需保持良好的曝氣和水分控制。
二次堆肥：溫度初見降低，氧氣吸收率降低，臭味完全消失。
相對于第一次堆肥腐熟來說，不能沒有第二次堆肥，因為二次堆肥可以降解難降解的有機物，嗜溫微生物菌落重新建立，從而有助于有機肥腐熟、減少植物毒性物質和抑制病原菌。
溫度升高階段：有機肥腐熟溫度上升到45℃，主要以放線菌、真菌和細菌為主，主要分解糖類和淀粉。甚至有源生物動物和動物參與。
高溫階段：腐熟溫度達到45℃以上，嗜溫微生物被抑制，嗜熱主導。可溶解的有機物繼續被氧化分解，復雜的有機物（纖維素、半纖維素、蛋白質、木質素）也開始被分解。50℃左右（嗜熱真菌和放線菌）；60℃左右（嗜熱細菌和放線菌）；70℃左右（大多微生物已經不能適應）。
最佳腐熟溫度為55℃，這是因為大多微生物在該溫度最活躍，最易分解有機物，病菌、蟲卵、雜草種子大多數會被殺死。
降溫降低階段：嗜溫微生物又開始大量繁殖，占據優勢，對殘余難分解的有機物作進一步分解。此時微生物活性下降，堆肥腐熟需氧量降低，溫度下降，肥堆逐漸趨于穩定。
一、有機肥定義
1.有控制地通過生物分解有機廢棄物后得到的產物，在分解過程中產生的熱量可使原材料得到無害化和穩定化以有益于植物生長，其物理性質與初始的原材料已截然不同。
2.有機肥是一種有機質資源，其特有的性質可以改善土壤或生長基質的化學、物理和生物性質，它雖含有植物養分，但還不是一種典型肥料。
二、有機肥其腐熟過程
在堆積、攪拌、通風的好氧狀態下，利用微生物分解原材料中的有機物，分解產生的熱量可使水分蒸發，能殺死病原菌、寄生蟲卵和雜草種子，是一安全、衛生、有機物穩定化的過程。
三、有機肥料優勢
1.有機肥來源的肥料對植物和土壤都有好處，如果使用得當，一般不會燃燒或損壞植物。
2.有機肥料刺激土壤微生物繁殖，改善土壤結構。土壤微生物在將有機肥料轉化為可被植物吸收的可溶性養分方面起著重要作用。
3.有機肥料通常提供次生和微量營養素的需要，通常在化學肥料中卻沒有。
4.有機肥料氮、磷、鉀的來源比化學肥料相對較低，但是可以保持土壤肥力更持久一些。因此，有機肥對植物的影響通常是更微妙的。

有機肥料為什么能培肥改良土壤

1、土壤改良

有機肥是一種很好的土壤改良劑。當有機肥被用于農田或退化土壤，可以增加有機質，改土壤結構，減少化學肥料的使用量，并且可以減輕土壤的潛在侵蝕。

2、改善了土地利用

農業有機廢棄物的相當部分還在直接或簡單處理后土地利用，雖也有肥料價值，并能起善土壤質量的作用。農業廢棄物有機肥后使用具有以下優點：①從廢棄物中的氮素轉變為更加穩定的有機氮，盡管其中也有部分氮素的損失，但剩余的氮素常不容易被淋失和揮發掉；②初始農業廢棄物碳氮比偏高或偏低，直接施用到土壤后，會導致壤中氮不足或氮過量，影響作物生長，相反經過堆肥后的有機肥碳氮比趨于合理，更適合于土地用（腐熟有機肥理論上講應該趨于微生物菌體的碳氮比，即16左右。一般認為C/N從最初的25~30降低到15~20，表示有機肥已經腐熟，達到穩定。PS：微生物每消耗25g有機碳，需要吸收1g氮素）；③有機堆肥過程產生的熱量可以減少廢棄物中雜草種子的數量，減輕了草害的影響。

3、降低污染風險和臭味抱怨

有機肥堆肥可以減輕這些問題的影響。由于有機肥堆肥產品通常有需求，因此其出路就不再是問題，有機堆肥可以儲存和處理的性質允許它可以被運到比糞便或其他原料更遠的地方。一個運行良的有機堆肥設施基本不會產生臭氣和滋生蒼蠅的。

在城市化和農業不斷規?；l展的過程中，有機廢棄物開始成為一種負擔而不是財富。特別對一些農業養殖企業來說，由于沒有大面積土地吸納這些動物糞便，動物數量遠遠超了土地的承受能力，使得糞便的處理就成了很頭疼的問題。

4、有機肥作為養殖墊料替代物

許多研究表明，粉狀有機肥可用來替代鋸末、秸稈粉等在養殖場作為墊料使用。

從動物福利及養殖環境的改善角度認為，養殖圈舍內應鋪設墊料層，一方面有利于吸附動物排泄物，減輕環境污染，另一方面也給動物提供了一舒適的地面環境。

5、有機肥減輕土傳病害

已經發現良好的有機肥可以在不使用化學藥物控制的情況下減輕植物土傳病害。有機肥的這種抑制病害的特點已經被廣泛的認識和贊賞。

1.含有農作物所需的營養和各種有益元素養分比例均衡，有利于作物吸收。因此，有機肥施用越多，土壤養分比例均衡有利于作物對土壤養分的吸收和利用，不會因為多施有機肥而造成土壤。某種營養元素大量增加，破壞了土壤養份的平衡。
2.有機肥含有大量的有機物，是各種微生物生長繁殖的地方。有機肥還能產生各種物質如維生素、酶、生長素等物質。
3.提高土壤肥力和保水能力。有機肥料都有很好的陽離子替代能力，可以吸收較多的鉀、銨、鎂、鋅等營養元素，提高土壤肥力，腐熟有機肥的保肥能力。另外，有機肥緩沖能力好，可以減少長期施用化肥造成的酸度變化和土壤的板結
4.減少養份固定，提高養分利用率。有機肥含有多種有機酸、腐殖酸、羥基等物質，都具有很好的螯合能力。它能與錳、鋁、鐵等多種金屬元素螯合形成螯合物，減少錳離子對農作物的危害。
5.加速土壤團聚體的形成，改良土壤的理化性質。有機無機團聚體是土壤肥力的重要指標。它的含量越高，土壤的物理性質越好。土壤越肥沃，保土、保水、保肥能力越強，通氣性能越好，越有利于作物根系生長。