根據衛生部《關于衛生監督體系建設的若干規定》規定，各級衛生監督機構在同級衛生行政部門領導下承擔衛生監督工作任務，主要職責為：
　 （一）衛生行政許可
承辦食品生產經營單位、餐飲業及集體食堂的衛生條件的衛生行政許可；承辦公共場所衛生條件的衛生行政許可；承辦供水單位衛生條件的衛生行政許可；衛生行政部門交辦的其他行政許可事項。
　 (二)公共衛生監督
對食品生產經營單位、餐飲業及集體食堂的衛生條件、衛生防護設施、生產經營活動及直接從事食品生產經營活動人員的健康管理進行衛生監督檢查，查處違法行為；對化妝品、消毒產品、生活飲用水、涉及飲用水衛生安全產品及其他健康相關產品的衛生及其生產經營活動進行衛生監督檢查，查處違法行為；對公共場所的衛生條件及其從業人員的健康管理進行衛生監督檢查，查處違法行為；對用人單位開展職業健康監護情況進行衛生監督檢查，查處違法行為；對建設項目執行職業病危害評價制度情況進行衛生監督檢查，查處違法行為。
　 （三）醫療衛生監督
　 對醫療機構的執行資格、職業范圍及其醫務人員的職業資格、執業注冊進行監督檢查，規范醫療服務行為，打擊非法行醫；對醫療機構的傳染病疫情報告、疫情控制措施、消毒隔離制度執行情況和醫療廢物處置情況進行監督檢查，查處違法行為；對采供血機構的采供血活動、傳染病疫情報告和醫療廢物處置情況進行監督檢查，查處違法行為；對疾病預防控制機構的傳染病疫情報告、預防控制措施和菌（毒）種管理情況進行監督檢查，查處違法行為。負責派出機構的管理；負責轄區內衛生監督信息的收集、核實、上報；負責受理對違法行為的投訴、舉報；開展衛生法律法規宣傳教育；承辦縣委、縣政府、主管局及上級業務機關指定或交辦的衛生監督事項。
　 (四)其他
　 負責派出機構的管理；負責轄區內衛生監督信息的收集、核實、上報；負責受理對違法行為的投訴、舉報；開展衛生法律、法規宣傳教育；承辦縣委、縣政府、主管局及上級業務機關指定或交辦的衛生監督事項。