可以用同樣的方法，但“篩子”不同。

從土壤中分離具有不同特定功能的微生物，使用的方法和過程基本都是相同的，都是先取樣，進行富集培養，用設計合理的篩選培養基進行篩選（即合理設計“篩子”），得到初步的篩選結果后，再對微生物進行特定功能能力的測定和菌種生理生化特性的鑒定。

如分離土壤中分解尿素的細菌，可選擇在可能存在尿素的環境土壤中取樣，在全營養培養基進行富集培養后，用以尿素為唯一氮源的全合成培養基進行單細胞培養，能在該培養基上生長良好的細菌，一定能夠分解尿素。而“以尿素為唯一氮源的全合成培養基”，就是篩選能夠分解尿素的細菌的“篩子”。

分離分解纖維素的細菌，其方法和過程是一樣的，區別只有兩點。一是取樣地點應當選在纖維素豐富的土壤，如腐殖土。二是選擇的“篩子”應當是“以可溶性纖維素為唯一碳源的全合成培養基”。