廚余垃圾的微生物處理方法主要包括好氧堆肥、厭氧消化三種。

好氧堆肥是在有氧條件下，利用好氧微生物分泌的胞外酶將有機物分解為可溶性有機物質，再滲入到細胞中，通過微生物的新陳代謝，實現堆肥過程。廚余垃圾有機物含量高，營養全面豐富，是微生物的良好營養物質，非常適合做堆肥原料。

厭氧消化是指在厭氧條件下，微生物將有機垃圾進行分解，其中碳、氮、氧轉化為甲烷、二氧化碳，而氮、磷、鉀等元素存留在殘留物中，并轉化為肥料。