1、治污為本的原則。水環境最嚴重的問題是污染，必須把解決污染問題擺在首要位置，要通過污染源的普查，搞清各類污染源對河道水污染的貢獻率，從而對癥下藥，截住污染源。同時，要進行產業布局結構調整和升級，淘汰低效益、低技術含量、高污染的落后產業和小企業，提升產業結構，調整產業布局，壯大產業園區。
2、生態治水的原則。要重視水生態環境的研究，運用先進的生態手段治理河道，努力削減污染負荷。保護好現有生態環境良好的水域，特別是農村河道和三垟濕地重點保護水域等。在綜合整治中，盡可能體現塘河自然的原貌和特色，體現溫州水生態環境的豐富性、多樣性。
3、山水并治的原則。治水必然要治山，防止因水土流失而破壞河道水環境。對河道周邊的山體要加強水土保持，植樹造林，美化山川，防治水土流失；對開發建設項目造成人為的水土流失更要強化治理，以保護治水的成果。
4、突出景觀的原則。沿河建設綠色通道和若干水環境景觀精品工程，保護好文物古跡，真正把河道建設成為一條亮麗的風景線，從而達到人居環境改善、環境質量提高、城市品位提升的整治目標。
5、持久治水的原則。現代化河道水環境的形成與整個地區的經濟社會發展、城市基礎設施配套建設、民眾文明意識提升直接關聯，往往需要較長的時間，分階段、積少成多地完成。因此，在溫瑞塘河綜合整治上，必須樹立持久治水的原則，防止急功近利。要相應地提出近期目標與遠期目標，近期整治措施與遠期整治方案，以及河道水環境的評價指標等，以滿足各時期的整治要求。
6、建管并舉的原則。溫瑞塘河綜合整治必須防止重建設、輕管理的傾向。在當前我市經濟實力還不夠強、河道面貌難以用工程措施一下子改觀的情況下，加強管理力度應該成為減輕河道水環境壓力的重要手段。要應用行政、經濟、法律等非工程方法，加強立法、宣傳、教育、保護和管理等源頭性措施，以獲取較大的河道水環境收益。