（一）建設標準不完善，配套設施不科學。

一是建設標準不完善。我國高標準農田建設標準與農業現代化發展要求存在差距，機耕、機播、機收等綜合機械化未出臺具體標準；條田建設標準僅有“集中連片”的規定，對于平原、丘陵地區條田規模無明確標準；耕作層和有效土層厚度設定了標準，但對土壤有機質含量、耕地質量等級提升、耕地地力改善未明確。 二是配套設施不科學。部分地區對高標準農田建設統籌規劃不足，一些已經建成的項目區中灌溉、田埂、溝渠等設施配套不完善，如水利灌溉設施距離耕種區較遠，無法滿足農民實際用水需求；沒有田埂或路面溝渠寬度不夠，不便于下田作業。

（二）管護機制不健全，功能作用不持續。

一是管護機制不健全。當前高標準農田建成后普遍由當地鄉鎮基層政府或村委會負責管護，由于鄉鎮干部流動性大、村干部職位調動等原因，管護主體缺位現象突出，責任落實不到位，部分配套設施缺乏監管、維護，高標準農田實際功效減弱。二是功能作用不持續。《農田建設補助資金管理辦法》中無高標準農田管護費用相關具體規定，高標準農田建設專項資金中無法安排管護費，加上基層財力困難，田間路、灌溉排水渠系等配套設施老化、風化、損壞時無法及時修復，導致使用周期縮短，功能作用減弱。

（三）建設資金渠道單一，畝均投資水平不高。