衛生部對醫院醫療廢物的處理是有規定的，需要分類處理。涉及廢水，處理如下：
（1）檢驗科病源體的培養基、毒種保存液等高危廢物，先在科室內進行壓力蒸汽滅菌后，按其它感染垃圾處理。
（2）傳染病人（如結核病人）的痰液和檢驗科檢查后痰液標本、污染廢物，以及各科室病人的引流液、胸、腹水等由產生科室分類收集，用防滲漏的專用桶盛裝，送至化痰室，經高溫煮沸30分鐘或2000mg/L含氯消毒劑混合作用30分鐘后，污水排入醫院污水處理系統。
（3）放射性液體廢物：產生后由專用管道排入分隔的污水池，經過降解后排入醫院污水處理系統。
（4）化學性廢物：放射科顯影液產生后排入醫院污水處理系統。定影液產生后用防滲漏的專用桶裝，交回收公司處理。檢驗科、病理科的化學試劑、液體廢物排入醫院污水系統處理。
（5）廢水：醫療生活廢水由排污系統進入醫院污水處理站。在處理站根據國家要求，使用符合國家規定有認證的設備和制劑進行沉淀和去害處理后排出。一般是用二氧化氯對廢水進行處理排出。
注意，生產醫院污水處理設備和化學試劑的廠家是需要認證的，一定要買具備資質的。還有污水處理后應進行檢測，最好是請有資質的第三方檢測公司檢測。