醫療機構污水處理由衛生、環保、住建等部門共同監管。

根據《中華人民共和國傳染病防治法》、《中華人民共和國固體廢物污染環境防治法》和《醫療廢物管理條例》，縣級以上人民政府衛生行政主管部門和環境保護行政主管部門按照各自職責，對違反醫療廢物管理規定的行為實施的行政處罰，適用本辦法。

擴展資料:

醫院廢物處理不當行為

（一）在醫療衛生機構內運送過程中丟棄醫療廢物，在非貯存地點傾倒、堆放醫療廢物或者將醫療廢物混入其他廢物和生活垃圾的；

（二）未按照《條例》的規定對污水、傳染病病人或者疑似傳染病病人的排泄物，進行嚴格消毒的，或者未達到國家規定的排放標準，排入醫療衛生機構內的污水處理系統的；

（三）對收治的傳染病病人或者疑似傳染病病人產生的生活垃圾，未按照醫療廢物進行管理和處置的。

參考資料來源：百度百科-醫療廢物管理行政處罰辦法

你說的問題是雙重管理問題，這個事情衛生局也管，環保局也管。具體的情況大致如下：衛生局是管衛生監督，由衛生局的疾控處、或者指派衛生監督所（隸屬于衛生局領導的專門機構）來檢查，主要檢查制度建設、人員配備、污水處理登記、污水處理程序、機器運行情況、采集污水校樣化驗是否合格等，管的比較細，一般如果不合格的話，衛生局的疾控處會給予通報批評，不罰款。衛生監督所除了通報批評外，還可以給予一定的罰款處罰。具體的情況看你們單位和衛生監督所的交情，交情好的讓整改，不罰款。環保局是國家環保的行政執法部門，對任何的環境污染都有管理和處罰權限，會定期到醫院檢查，主要是采樣化驗，如果不合格的話，除了強制性限令整改以為，還會給予罰款處罰，一般處罰的力度比衛生監督所大。除了很深的交情，一般想要免除罰款是很難的，多少你都得交點錢。