河里出現(xiàn)綠藻主要是水中的溶解氧濃度下降厭氧的微生物繁殖所引起，最大的危害就是水中溶解氧下降導(dǎo)致水質(zhì)下降，魚類可能死亡，一般水生植物也能進(jìn)行光合作用，但是由于綠藻大量繁殖，覆蓋了水面，影響水下植物的生長(zhǎng)，所以無法完全發(fā)生光合作用。綠藻多見於淡水，常附著於沉水的巖石和木頭，或漂浮在死水表面；也有生活於土壤或海水中的種類，浮游種類是水生動(dòng)物的食物或氧的來源。 綠藻的葉綠體被兩層細(xì)胞膜包圍著，所以有猜測(cè)說它們可能是直接由藍(lán)菌的內(nèi)共生而得來的。部份藍(lán)菌有類似的色素沉著，但這似乎出現(xiàn)不只一次，而綠藻的葉綠體也不再被認(rèn)為和此類型的關(guān)系相近。相對(duì)地，綠藻可能和紅藻有著相同的祖先。 綠藻門的經(jīng)濟(jì)價(jià)值很高。綠藻在植物進(jìn)化的研究中也很重要；據(jù)認(rèn)為單細(xì)胞的衣藻與陸地植物的祖先相似，貯藏的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)主要為淀粉和油類。綠藻中如石莼、礁膜、滸苔等歷來是沿海人民廣為采撈的食用海藻。海產(chǎn)扁藻、小球藻等單細(xì)胞綠藻繁生快，產(chǎn)量高，含有一定量的蛋白質(zhì)、糖類、氨基酸和多種維生素，可作食品、飼料或提取蛋白質(zhì)、脂肪、葉綠素和核黃素等多種產(chǎn)品。有的綠藻可作為藥用，如小球藻、孔石莼等。此外，利作藻菌共生系統(tǒng)和活性藻的方法來處理生活污水和工業(yè)污水。