em菌劑群體在環境治理中的聯合作用分解有機污染物的原理與禽畜圈糞便處理一樣，一方面是抑制腐敗細菌的生長，改善有機物的分解途徑，減少NH3和H2S的稀放量和胺類物質的產生，同時有光合細菌中某些種利用H2S作供氫體消耗H2S，消除環境中的惡臭，減少蚊蠅蘗生。

廁所和生活污水處理

用益富源em菌劑處理生活污水，在水源口加em菌劑，使em微生物發酵液滲入污水中，經沉淀、發酵、凈化三經處理，廁所糞便被分解，并被液化無塊無臭無蠅，經凈化三天后水透明度達標，處理后的廢水可循環再利用，按50人次/日活動地場所的生活污水自理為例，每所4次在水源口加em微生物發酵液，每加量em微生物發酵粹1kg和10%糖蜜，在凈化池過濾后通過抽水泵提水，形成水循環利用系統。餐館廢水含油脂量大，經em菌劑處理后，含油脂污水經24小時可被凈化。