在給土壤使用菌劑時，不建議種植戶搭配殺菌劑使用，因為有些殺菌劑是能夠殺死菌劑中的微生物。一般情況下，土壤中使用殺菌劑以后，最少間隔七天，才能使用菌劑。

在使用菌劑以后，建議立即澆水，或者直接隨水沖施。因為菌劑中的微生物在含水量60%-70%的土壤中活躍度最高，所以使用后澆水是很有必要的；除此以外，再搭配一些有機肥效果會更好。

微生物菌劑的使用時間最好選擇在早晨，傍晚或者陰天，因為被陽光直射不利于菌劑中的微生物生存，可能會影響其繁殖、代謝等生命活動。

菌劑最好現買現用，其實最好選擇在低溫陰涼、通風良好的環境中保存，避免陽光暴曬。

菌肥的保質期一般為18-24個月，其中的菌種也能存活18-24個月，如果是施入到土壤中，菌肥中的微生物會不斷繁殖，能存活幾年之久，但經過傳代之后微生物的活性和功能性會下降，需及時補充高活性的菌肥。

所以我們在選用微生物菌劑肥的時候一定要選用自身含有營養的，如含有豐富的有機質、氨基酸、蛋白質、維生素等營養的菌劑肥，一般能達到上述要求的就需要選用這類原料做基質了，比如用玉米、豆粕等糧食發酵，因此自帶營養的微生物菌劑肥，我們選擇的時候可以注意一下。