當今農(nóng)村污水處理的一個突出問題就是在農(nóng)村生活污水處理工程實施的同時，“曬太陽”工程情況仍然時有發(fā)生。存在有錢打造無人運維，缺乏對需求和處理量的相應標準，以及對如何長期運維的考慮。

當前，農(nóng)村污水處理需要制度保障，規(guī)劃前提，監(jiān)控管理和長期運行維護。農(nóng)村污水處理市場的發(fā)展時間還很短，需要更多規(guī)范性文件。

我國版圖幅員遼闊，模板式的治理方式顯然不適合分散于全國各地的數(shù)百萬村落，因地制宜是最佳的解決方案。不論是一村一鎮(zhèn)為單位，還是按地形地勢海拔氣候等因素區(qū)分，都能夠看到更有效的成果。

選擇農(nóng)村污水處理方法十分重要，并且必須正確使用才能理解其價值。例如，對鄉(xiāng)鎮(zhèn)人后按用途分類，可以使用的生活污水處理類型包括城鄉(xiāng)處理，村莊處理類型包括集中處理和農(nóng)戶分散處理。這樣的分級就可以完成從稠密到松散的污水處理全覆蓋。

此外，農(nóng)村污水處理模式和技術(shù)還可以按照區(qū)域劃分。包括中南地區(qū)、西南地區(qū)以及西北干旱地區(qū)，針對各自地理、氣候、人口、經(jīng)濟、基礎(chǔ)建設(shè)等條件的不同，各自選用的發(fā)展模式和工藝略有差異。但是總體而言，農(nóng)村污水處理方式的選擇要統(tǒng)籌考慮一系列因素，逐步縮小選擇范圍，提高處理效率。