水由入口進入，首先經過粗濾網濾掉較大顆粒的雜質，然后到達細濾網。在過濾過程中，細濾網逐漸累積水中的臟物、雜質，形成過濾雜質層，由于雜質層堆積在細濾網的內側，因此在細濾網的內、外兩側就形成了一個壓差。當過濾器的壓差達到預設值時，將開始自動清洗過程，此間凈水供應不斷流，清洗閥打開，清洗室及吸污器內水壓大幅度下降，通過濾筒與吸污管的壓力差，吸污管與清洗室之間通過吸嘴產生一個吸力，形成一個吸污過程。同時，電力馬達帶動吸污管沿軸向做螺旋運動。吸污器軸向運動與旋轉運動的結合將整個濾網內表面完全清洗干凈。整個沖洗過程只需數十秒鐘。排污閥在清洗結束時關閉。過濾器開始準備下一個沖洗周期。

模塊式反沖洗過濾器工作原理：液體從入口總管流入，進入到各個過濾單元的入口，液體從外向內透過濾元外表面，流向各個過濾單元出口，匯聚到出口總管后流出，顆粒雜質被攔截在濾元外表面,累積形成濾餅,當過濾壓差逐漸升高達到預設值時(通常為70-130KPa);或者清洗時間周期到時，控制系統啟動反沖洗動作，對每個過濾單元逐一反沖洗，整個反沖過程完成，當某一過濾單元被反沖時，其他單元仍正常過濾。

具體工作原理可以參考下圖