一個完整的BOT項目運作過程包括確定項目、選擇項目公司、項目建設、運營和移交五個主要步驟。
第一步，確定項目
1．政府根據當地經濟社會發展情況提出項目設想。
2．聘請咨詢機構對項目進行技術、經濟論證。
3．按照基本建設程序完成項目立項審批手續。
第二步，選擇項目公司
項目公司的選擇有兩種方式：一種是協商方式，另一種是招標方式。我國現有BOT項目基本都是采用協商方式，國外應用較多的是招標方式。由于BOT方式需要談判的條件較多，協商方式成功率較低，即使成功，由于缺乏競爭，項目成本往往較高，但有時速度較快。采用招標方式，步驟如下：
1．委托咨詢機構編制招標文件。
2．公開招投標（發表招標公告、進行資格預審、發售招標文件、投標者準備標書、開標與評標）。
3．合同談判（開標評標后，要對評標結果進行排序，選擇2～3家公司進行合同談判。首先與第一標進行談判，若成功，則轉向下一步，否則，轉向第二標進行談判）。
4．與項目公司簽約（內容通常包括特許權期限、項目的技術和經營、材料的供應、稅收、出資者的信用程度、政府的支持和項目設施移交的期限、爭議的解決方式等）。
第三步，項目建設
1．項目公司（一般是委托一家咨詢機構）對項目進行詳細設計。
2．融資。
3．項目公司與一個建筑公司簽定承包合同，通常是總承包方式的交鑰匙合同。
4．建筑公司對項目進行施工并交付項目公司（期間，承包商一般不歡迎政府干涉項目，但項目成本的最終承擔者是用戶，項目的最終擁有者是政府，為保證項目質量，降低成本，政府對項目進行監督并適當參與項目工作是必要的）。
第四步，運營
項目公司在BOT項目期內，自己來運營，或者通過合同，委托一家獨立的專業運營公司來運營。
第五步，移交
當BOT項目期滿，政府或其委托機構對項目設備進行檢查，以確認是否符合規定的質量要求。若設備有問題，則政府可以要求項目公司作一定的修理或更換工作。然后，項目公司把整套設備移交政府。政府可以自己運營這些設備，也可以選擇與該項目公司議定延續特許協議，或者與具有競爭力的公司議定一個新的特許權協議。

采用BOT方式發展城鎮供水事業應注意的問題
1．認真做好項目論證的前期工作
城鎮供水項目實施BOT需要做大量的前期工作，如對項目進行技術的和經濟的詳細論證，提出符合立項審批要求的項目建議書和可行性研究報告。項目論證要建立在城鎮水資源綜合利用規劃的基礎上，而一個城鎮的水資源綜合利用規劃應包括水資源中長期供求、供水水源、節水、污水資源化和水資源保護等專項規劃。規劃里要明確城鎮供水水資源必須依照“先地表水、后地下水，先當地水、后過境水”的次序，采取“多庫串聯，水系聯網，地表水與地下水聯調，優化配置水資源”的方式，提高城鎮供水保證率。
2．理順水資源管理體制
要想順利地采用BOT 方式積極發展城鎮供水業，就必須首先建立科學合理的水資源管理新體制——對區域的防洪、除澇、蓄水、供水、節水、水資源保護、污水處理回用、地下水回灌等實行統一規劃、統一調配、統一發放取水許可證、統一征收水資源費、統一管理水量和水質，實現城鄉水務一體化。
3．牢牢抓住BOT項目的核心——特許合同
特許合同是BOT項目的核心，它明確了在特許期內政府和項目公司的權利與義務，反映了雙方的風險與回報。合同條款一定要嚴密，過于簡單，一旦出現遺漏問題，往往會由此產生糾紛。因此，政府應該聘請有經驗的專業咨詢公司作顧問，在項目合同的嚴密性上狠下功夫。特別強調，在特許期內，項目公司雖擁有特許權項目設施的所有權，以及為特許權項目進行投融資、工程設計、施工建設、設備采購、運營管理和合同收費的權利，并承擔對特許項目的設施進行維修養護的義務，但更要明確和細化政府部門具有對特許權項目監督、檢查、審計，以及如發現項目公司有不符合特權協議規定的行為，予以糾正并依法處罰的權力。
4．創造良好的投資環境，盡可能降低投資風險
投資環境的建設包括經濟環境、政治環境和法律環境等。應該充分認識到，BOT項目的前期工作較為復雜，它既涉及到政府部門與非政府部門之間的談判與合作，又牽涉到許多需要相互之間良好協調的關鍵機構，如政府部門、項目部門、項目投資者、用戶等，它既涉及包括金融、稅收、外匯等經濟問題，也涉及法律、公眾利益、環境保護等社會問題。由于BOT項目涉及到公眾利益并且需要以土地、交通、能源、通信、人力資源等為基礎進行實施，因此，BOT項目的成功在很大程度上取決于項目所在地政府是否給予強有力的支持，即項目所在地的投資環境是否有利。