一是責任范圍的劃分機制。河湖管理保護是一項復雜的系統工程。在劃分、確定河長職責范圍的過程中，要充分遵循河湖自然生態系統的規律，忌一河多策；要把握河流整體性與水體流向，忌多頭管理。要注重河流的整體屬性，遵循河流的生態系統性及其自然規律。制定流域環境保護開發利用、調節與湖泊休養生息規劃，合理分配流經區域地方政府的用水消耗量和污染物排放總量，實現發展與保護的內在統一。要合理設置斷面點位。目前河長職責范圍的確定以斷面點位為依據，而斷面點位的設置、劃定基本是以各行政區域的交界處劃分的。這種劃分方式對上下游、左右岸管轄問題考慮較多，對水流變化等原因則考慮較少。筆者認為，斷面點位設置要在統籌流域水系的基礎上，充分考慮水流變化和流域工農業發展實際，合理劃分河長們的職責范圍。
二是治理目標的細化機制。在強化河長問責的同時，要細化治理目標，根據不同河湖、不同河段存在的問題，逐年確定分流域、分區域的年度目標，制定差別化的水污染防治計劃，建立差異化的評價考核體系。各地要對轄區內的工業、城鎮生活、農業、移動源等各類污染源開展調查，通過污染物統計監測，核實區域污染物排放總量，摸清水污染底數。要根據“水十條”對區域內各類水體水質開展生態監測，逐一排查達標情況。對江河湖庫生態環境開展安全評估，對沿江河湖庫工業企業、工業集聚區環境和健康風險進行評估。要開展水環境專項整治，在嚴厲打擊環境違法行為的同時，深入調查轄區入河排污口情況，全面統計、清理非法或設置不合理的排污口。要對水環境管理實行統一監測、統一執法。在對河湖流域管理中，要通過開展聯合監測、統一檢測方法等方式，確保河長們履職考核的公平性。要對黑臭河狀況調查摸底，分析形成原因，找出污染源頭，制定對策。

三是資金使用的管理機制。黑臭河整治、污水處理設施建設、水生態修復等水環境治理工程勢必投入大量資金。因此在資金分配使用上，要建立嚴格的管理制度，確保資金安全。要建立水環境治理的專項資金賬戶，建立資金報批制度，建立資金規范運作制度，建立資金使用監管制度。財政部門及時將專項資金使用、考核、驗收等情況，在政府網站和公示欄予以公示，便于公眾監督。

四是協調溝通的聯席機制。各級河長辦公室要建立完善的信息交流、溝通、協調機制。對上級河長，要定期報告河湖管理、水環境治理目標任務進度等情況，落實上級政府水資源保護各項調控政策，執行水污染防治統一組織開展的各項專項行動；對下級河長，要定期督察水環境治理目標任務落實情況和河長履職情況，做好行政區域與行政區域之間、河段與河段之間無縫對接，及時消除同級河長間的“真空地帶”、“三不管地區”；本級河長辦公室要根據轄區的水環境污染狀況，研究、制定整治方案，落實治理任務，組織開展水污染防治聯合執法行動，切實改善區域環境質量。

五是生態資金的橫向補償機制。國家提出全面推行河長制，就是把生態自然資源利用過程中產生的社會成本，用行政手段實現內部化。通過行政權力分割，通過考核問責，解決上下游、左右岸的水環境治理成本外部性問題。筆者認為，在強化河長責任考核的同時，還需完善生態資金補償機制。一個是縱向補償，對那些為了保護生態環境而喪失許多發展機會、付出機會成本的地區，提供自上而下的財政縱向生態補償資金，確保區域環境基礎設施建設。另一個是橫向補償，即根據“誰污染，誰治理”、“誰受益誰補償，誰污染誰付費”的原則，對上游水質劣于下游水質的地區，通過排污權交易或提取一定比例排污費，納入生態建設保護資金，補償下游地區改善水環境質量。