一、流域生態環境存在的主要問題及形成原因
1.水質狀況較差。小清河干流16個控制斷面中，僅睦里莊1個控制斷面為Ⅲ類，其余馬鞍山、五柳閘、還鄉店、大碼頭、鴨旺口、辛豐莊、位橋、孫鎮、渡口、浮橋、大肖、石村、三岔、候辛、羊口等15斷面均為劣Ⅴ類。
2.污染物排放總量大。為實現小清河流域的水質目標，小清河流域到2012年COD和氨氮的排放總量需控制在1.41萬噸/年和0.06萬噸/年，即需要在2002年的基礎上分別削減11.86萬噸/年和1.27萬噸/年，削減率分別為89.3%和95.5%；COD和氨氮的入河總量需控制在1.17萬噸/年和0.05萬噸/年，即需要在2002年的基礎上削減10.08萬噸/年和1.08萬噸/年，削減率分別為89.6%和95.5%。
3.環境污染難以遏制。污染物入海總量居首位的為COD，約5.2萬噸，約占總量的95%；其次為營養鹽，約0.2萬噸，約占總量的4%；石油類約377噸；重金屬約773噸。
二、浸染治理工程
1.污染治理工程
任務要求：城市(鎮)污水處理廠及配套管網建設工程。到2012年，根據需要在流域內擴建城市污水處理工程26項，新增處理規模為79萬立方米/日，可新增COD削減能力7.2萬噸/年、氨氮0.4噸/年，需要投資9.9億元。到2015年底，小清河流域新、擴建2座污水處理廠，形成處理能力8.2萬噸/日，污染物削減能力COD8.3萬噸/年，氨氮0.5萬噸/年。
計劃安排：已建污水處理廠配套管網建設計劃。小清河流域投資3.1億元對已建成的14座污水處理廠完善配套污水管網310千米。已建污水處理廠除磷脫氮設施建設計劃，小清河流域投資3.25億元對已建成的14座污水處理廠新增除磷脫氮功能。
2.工業污染源控制工程
任務要求：制定重點流域匯水區鼓勵、限制、禁止發展產業名錄，在審批項目時，應嚴格執行名錄制度，杜絕新污染源的產生。進一步調整產業結構，加快工業點源綜合整治，實施清潔生產及工業企業再提高工程，關停流域內的“十五”土(小)企業。
計劃安排：在生活飲用水地表水源一級保護區禁止一切與供水設施和保護水源無關的項目。在生活飲用水地表水源二級保護區禁止新建、擴建向水體排放污染物的建設項目，設立裝卸垃圾、油類及其他有毒有害物品的碼頭。在除保護區外的流域匯水區，限制化學原料及化學制品制造業、輪胎及橡膠加工制造業、化學原藥藥品制造業、印染業、化學纖維制造業、皮革皮毛羽絨及其制品業、造紙及紙制品業、有色金屬冶煉加工業、煤炭采造業、電鍍、發酵制品業(淀粉)、酒精及飲料酒制品業。
工業點源綜合治理工程。到2012年底，小清河流域完成55個工業點源綜合治理項目，工程投運率不低于90%。2015年底，工程投運率達到100%。
3.面源污染控制工程
任務要求：實施“兩減三保”行動計劃，即以“減少農藥、減少化肥，保產量、保質量、保環境”為目標，以強化技術培訓、提高技術到位率為手段，按照“統籌規劃、突出重點、優化結構、總量減少”的原則，分步實施，逐步推進。到2015年，使小清河流域化學農藥、化肥的使用基本做到品種結構合理，利用率明顯提高，農業面源污染基本得到控制。
區內原有的規模化畜禽養殖場必須建設治污設施并達標排放，糞便和污水要實現資源化利用。新建規模化畜禽養殖場必須堅持“三同時”的原則，不得產生新的污染。加強農作物秸稈綜合利用技術的推廣，開發農村新能源和有機肥料，實現殘留物的多層次循環利用。實現水產養殖的總量控制，減少對水體的污染。加強對船舶和航道、碼頭、船舶制造業的污染控制，完善船舶生活污水、固體廢棄物收集、處理裝置，減少入海污染物總量。
4.生態恢復和保護工程
繼續加大投入力度，完善各級海洋環境監測機構建設技術標準，通過充實人員、加強培訓、購置監測設施設備、完善監測手段，著力建設海洋環保業務工作支撐體系。設置小清河干流斷面，對各入河排污口、重點工業污染源排污口設置自動監控裝置，開展海洋環境監測和入海排污口監測。實施小清河附近海域污染狀況與趨勢性監測，開展海洋環境與生態質量狀況評價，建立小清河附近海域生態災害應急指揮系統，完善災害預警能力建設工程，做好海洋災害評估、賠償救濟。
(1)地表水環境質量監測：
監測斷面。考慮調水干線沿線河流、湖庫狀況以及跨省界、市界河流情況，確定小清河流域地表水環境質量監測斷面4個，分別為小清河干流的柴莊閘、辛豐莊、石村和孝婦河的長山橋。
監測項目。流量、水溫、pH、溶解氧、高錳酸鹽指數、氨氮。
監測頻次。每月監測一次。
(2)重點污染源的監測：為了保證小清河流域內河流水質、湖庫水質的逐步改善，必須保證污染源達標排放，因此需對重點污染源實行在線監測。必須同步安裝在線監測設施，對日排廢水100噸以上或日排COD30千克或氨氮20千克以上的重點排污企業必須在2012年底前完成在線監測設施的安裝運行。
(3)入海排污口監測：監測內容：排污口的地理位置、現場實況照片，污水中的污染物瞬時濃度、瞬時污水流量。
監測時間：全年監測6次，分別在3、5、6、7、9、10月上旬實施。
(4)鄰近海域環境監測：
監測內容：水質、沉積物、生物質量、大型底棲生物種類、海域環境實況記錄。
采樣時間：水質采樣應在低潮時進行，沉積物和生物采樣時間與水質同步。
5.小清河濱海濕地生態修復工程
計劃資金投入800萬元。實施生態修復工程，擴大海洋經濟動物、藻類增殖規模，制定有關規劃、技術標準和規范，對增殖保護效果進行跟蹤評價，大力開展海洋經濟動物恢復性保護蘆葦濕地生態治理示范工程，計劃在2012年前完成。
6.小清河環境容量研究工程
在對海上污染物和陸源污染源進行分析的基礎上，進行小清河入海口周圍海域環境生態資源狀況作出綜合評價。利用數值模擬技術CECOMSED模型，對小清河N、P、COD等主要污染物因子總量進行模擬，確定萊州灣環境容量。
根據小清河及其周圍海域環境容量，提出有關市、縣、區向小清河的排放污染物質的指標，為沿小清河市、縣、區政府治理小清河及其周邊海域提供決策依據。初步探討污染指標排放配額制度和有償申請方法的實施。