醫院污水的消毒方式很多，如液氯法、臭氧法、次氯酸鈉法、二氧化氯法等。但常用的消毒方法是：氯化法它具有投配方便、價格低廉、可靠性高等優點，臭氧法用于醫院污水消毒，可有效地殺滅大腸菌，小兒麻痹等病毒。而且不受廢水中氨氮含量及pH值的影響 氯化法處理根據投加氯化物的不同又分為液氯法和二氧化氯法。液氯消毒以它消毒能力強、價格便宜廣泛應用于自來水和醫院污水消毒。液氯的含氯濃度高，有效氯含量達99%以上，比次氯酸鈉溶液高5~10倍。但氯氣是一種有刺激性氣味的黃色有毒氣體，必須有專用的貯存設備和加氯設備。典型的加氯設備有人工定時開啟式加氯和自動提升加氯。但有關資料研究表明，液氯(Cl2)會與氨反應生成一氯胺、二氯胺及三氯胺而消耗液氯，也能形成有致癌作用的三鹵甲烷(THM)，加上液氯的不完全性，所以液氯消毒受到限制。二氧化氯(ClO2)在水中的溶解度是氯的5倍，其氧化能力是氯氣的215倍左右，是一種強氧化劑。是國際上公認的含氯消毒中唯一的高效消毒劑。它可以殺滅一切微生物，包括細菌繁殖體、細胞芽孢、真菌、分枝桿菌和病毒等。它能有效地破壞水中的微量有機污染物，如苯并芘蒽醌、氯仿、四氯化碳、酚、氯酚、氰化物、硫化氫及有機硫化物等。能很好地氧化水中一些還原狀態的金屬離子如Fe2+、Mn2+、Ni2+等。二氧化氯最大的優點在于與腐殖質及有機物反應幾乎不產生發散性有機鹵化物，不生成并抑制生成有致癌作用的三鹵甲烷，也不與氨及氨基化合物反應。有醫院廢水需要處理的單位，也可以到污水寶項目服務平臺咨詢具備類似污水處理經驗的企業。 根據臭氧發生量的大小，其制造成本也不一樣。一般來講，臭氧發生器價格比較貴。由于對醫院污水的排放在GBJ48-83標準中明確醫院排放的污水不得檢出腸道致病菌和結核桿菌及總大腸菌群每升不得大于500個?；蛴寐然ㄏ緯r，以接觸時間和接觸池出水中的余氯含量為標準。加之臭氧消毒價格較氯化法貴。絕大部分醫院用氯化法處理醫院廢水，在氯化法處理醫院廢水中，尤其以液氯為主。

目前醫院污水的常用醫院污水消毒法為二氧化氯消毒法，替代了之前的液氯消毒法，因為液氯對人體有一定的副作用，可能很產生三致反應。

具體的有電解法（電解工業食鹽）制備二氧化氯消毒法、化學法（鹽酸和氯酸鈉混合）制備二氧化氯消毒法、二氧化氯成品制劑投加消毒法。

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