內設機構有：

辦公室

規劃處

法規處

監測科技處

總量處

環評處

水處

大氣處

生態處

核應急處

輻射處

宣教處

人事處

環監局

黨辦

監察室

直屬機構有：

監測中心

輻射中心

環保學校

服務中心

廢管中心

宣教中心

信息中心

技術中心

環科院