1.環境污染引起食品生產過程污染環境污染，包括大氣污染、水體污染和土壤污染，可以從食品種植、養殖的生產源頭上影響食品。我國環境污染相當嚴重，據中國環境質量公報，我國七大水系、湖泊、水庫、部分地區地下水和近岸海域已受到不同程度的污染，在污染水體中生長的水生生物，包括水藻、魚蝦、貝、蟹等被污染后，有害物質通過食物鏈的聚集、濃縮，最后到達食物鏈的頂端――人體，從而引起人類的急性或慢性中毒，甚至禍害子孫后代。例如20世紀50年代日本的先天性水俁病是世界上第一例因環境污染而誘發的先天畸形病。20世紀80年代發生在上海的甲肝流行事件，就是因啟東地區帶甲肝病毒的糞便污染了水域，造成毛蚶污染而引起的。
工業廢水對農作物的污染更為直接，影響也大。據統計，我國工業廢水有80%未經處理就直接排放。工業廢水中的有毒重金屬污染物，無機、有機有毒化合物，還有許多水體被農藥污染，被洗滌劑等生活污水污染。特別是近年來我國城鎮規模化畜禽養殖業已發展到相當大的數量，但畜禽排放的大量糞尿與養殖場的大量廢水，大多未經妥善處理即直接排放。這些糞便中常常含有大量細菌、殘存的驅蟲藥、抗生素、飼料添加劑、激素等對人體和水體環境有害的物質。