FID雖然是通用型檢測器，但有些物質在此檢測器上的響應值很小或無響應，這些物質包括永久氣體，鹵代硅烷，水，氨氣，一氧化碳，二氧化碳等等。所以，檢測這些物質的時候不宜使用FID。

FID是用氫氣和空氣中燃燒所產生的火焰使被測物質離子化的，所以要注意安全問題。在未接上色譜柱時，不要打開氫氣閥門，以免氫氣進入柱箱。測定流量時，一定不能讓氫氣和空氣混合，即測氫氣時要關閉空氣閥門，反之亦然。 FID的靈敏度與氫氣，空氣和氮氣的比例有直接關系，因此要注意優化。一般三者的比例應接近或等于1：10：1。另外有些儀器的設計有不同的噴嘴分別用于填充柱和毛細管柱，使用時要注意查看說明說。

為防止檢測器被污染，檢測器溫度設置不應低于色譜柱實際工作的最高溫度，一般應高于柱溫10—20 度，一旦檢測器被污染，輕則靈敏度明顯下降或噪聲增大，重則點不著火。消除污染的辦法是清洗，主要是清洗噴嘴表面和氣路管道。具體方法是拆下噴嘴，依次用不同極性的溶劑如丙酮氯仿和乙醇浸泡，并在超聲波水浴中超聲10min以上，還可以用細不銹鋼絲穿過噴嘴中間的孔，或用酒精燈燒掉噴嘴內的油狀物，以達到徹底清洗的目的。清洗之后將噴嘴烘干，再裝在檢測器上進行測定。