1、擬定節約用水政策、編制節約用水規劃，制定有關標準，組織、指導和監督節約用水工作。

2、按照國家資源與環境保護的有關法律法規和標準，擬定水資源保護規劃；組織水功能區的劃分和向飲水區等水域排污的控制；監測江河湖庫的水量、水質，審定水域納污能力；提出限制排污總量的意見。

3、組織、指導水利設施、水域及其岸線的管理與保護；組織指導大江、大河、大湖及河口、海岸灘涂的治理和開發；辦理國際河流的涉外務；組織建設和管理具有控制性的或跨省(自治區、直轄市)的重要水利工程；組織、指導水庫、水電站大壩的安全監管。

4、指導農村水利工作；組織協調農田水利基本建設、農村水電電氣化和鄉鎮供水工作。

5、組織全國水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施規劃，組織水土流失的監測和綜合防治。

6、承擔國家防汛抗旱總指揮部的日常工作，組織、協調、監督、指導全國防洪工作，對大江大河和重要水利工程實施防汛抗旱調度。