1．定期進行水體污染源調查。根據水源污染的類型進行定期調查，要實地觀察，收集排污資料，并且將污水排放口的水樣委托當地衛生防疫或環保部門進行分析，并將調查結果整理成文字材料，預測污染發展的趨勢。調查時間一般每年一次，規模要大，最好會同衛生防疫、環保部門一起調查，如果水質發生變化則相應增加調查次數。
2．加強水源上游水質監測。監測項目主要選擇對水源有影響項目，可以選擇反映水的感官性狀的如濁度、色度、臭味、肉眼可見物等；反映有機物污染的如溶解氧、生化需氧量（BOD5）、化學需氧量（COD）、三氮（氨氮、亞硝酸鹽、硝酸鹽）；反映細菌污染的微生物指標等；富營養化的加上藻類與浮游生物的監測。
3．依法治理污染源。水源污染防治是一項關系人民身體健康的民心工程，對已影響水源水質的污染源一定要依法治理，要依據國家頒布的《水法》、《環境保護法》、《生活飲用水衛生規范》、《污水綜合排放標準》、《城市供水條例》等法律法規，緊密依靠當地政府、環保、衛生等部門有效地對污染源進行處理。