吉林大學環境工程專業于1992年開始招收本科生，1996年獲得碩士學位授予權，2003年獲得環境工程博士學位授予,并被批準建立環境科學與工程一級學科博士后流動站。
　　建系十多年來，已經為國家培養了大量本科生、碩士研究生、工程碩士研究生和博士研究生等高層次專業人才。目前，在校本科生近265人，碩士研究生約76人，工程碩士研究生35人，博士研究生約28人。碩士研究生和博士研究生的比例在不斷加大。本著多層次多渠道的人才培養方針，還招收工程碩士研究生，并還接納來自國內外各單位的進修人員和訪問學者。
吉林大學環境工程系由原吉林大學環境工程系和長春科技大學環境工程系合并而成。全系共有教職工14人，其中教授5人，副教授4人，中級職稱5人，其中50歲以下教師均具有博士學位及在職攻讀博士學位。。
　　本專業的主要科研領域包括水污染治理理論及技術、固體廢物處理及處置、環境生物技術等。承擔并完成了多項國家科技攻關項目、國家自然科學基金項目、國際合作研究課題以及橫向課題。取得了一批高水平的科研成果和實用技術，并獲多項國家和省部級獎勵。
　　現有教學與科研實驗室建筑面積1500多平方米。設有環境化學、環境監測、給水處理、污水處理、地下水污染控制模擬、環境生物技術、固體棄物處理及處置、膜分離技術、大氣污染控制等實驗室。具有良好的試驗研究條件和先進的分析測試儀器及手段。此外，日處理10噸污水的三溝氧化溝中試基地常年面相各層次學生開放。
　　多年來，環境工程系一直保持著與國內外許多大學、公司和科研機構的學術交流及合作研究。并積極組織多種國際學術會議，邀請著名學者和教授來校講學，選派教師出國訪問、講學、進修或參加國際會議，促進了全系教學和科研的發展。