土壤消毒是殺滅土壤病原菌和地下害蟲常用的方法，可較好地防治土傳病害和地下害蟲。土壤消毒主要有以下幾種方法：

（1）高溫悶棚法 利用太陽的能量烤棚是一種很好的土壤消毒方法。夏季高溫季節，設施栽培換茬之際，將溫室大棚密閉，在土壤表面撒上碎稻草（每667平方米用量700～1000千克）和生石灰（每667平方米用量500千克），深翻土壤30厘米，使稻草、石灰、土壤均勻混合，然后起大壟灌大水。并保持水層，蓋嚴棚膜，密閉大棚15～20天。

石灰遇水放熱，促使稻草腐爛也放熱，再加上夏季天氣炎熱和大棚保溫。

白天棚內地溫可達55～60℃，25厘米深土層全天溫度都在50℃左右，半月左右即可起到消毒土壤和除鹽的作用。

單獨利用灌水悶棚或者生石灰悶棚也可以，但效果比這種方法差一些。

（2）土壤施用生物菌有機肥法 每667平方米細致噴灑生物菌（保得土壤生物菌接種劑、或奇多念、或生物多效奇、或酵素菌等）500～1000克（注意！噴灑之后1周內不能噴灑殺菌劑），或土壤施用生物菌發酵的有機肥。

通過以上方法施入土壤中的大量有益菌類，可抑制和殺滅土壤中的各種有害微生物，預防土傳病害發生。

（3）福爾馬林消毒法 土壤耕翻后，每平方米土地用50毫升福爾馬林，兌水10～12千克，或每平方米噴灑100倍的福爾馬林液0.15千克，然后用塑料薄膜蓋嚴。7～10天后揭膜，并翻土1～2次，使藥液揮發，3～5天即可栽培作物。

（4）藥土消毒法 每平方米用50%多菌靈可濕性粉劑2克，或50%甲基托布津可濕性粉劑8克、或40%五氯硝基苯8克，兌水2～3千克，摻細土5～6千克，播種時做下墊土和上蓋土，可有效防治多種真菌性病害。

（5）噴淋或澆灌法 將96%惡霉靈3000倍藥液用噴霧器噴淋于土壤表層，或直接灌溉到土壤中，使藥液滲入土壤深層，殺死土中病菌，防治苗期病害，效果顯著。

（6）蒸汽熱消毒 用蒸汽鍋爐加熱，通過導管把蒸汽熱能送到土壤中，使土壤溫度升高，殺死病原菌，以達到防治土傳病害的目的。

這種消毒方法要求設備比較復雜，只適合經濟價值較高的作物，并在苗床上小面積施用。

此外，對于小面積的地塊或苗床，也可以將配制好的培養土放在清潔的混凝土地面上、木板上或鐵皮上，薄薄平攤，暴曬10～15天，既可殺死大量病原菌和地下害蟲，也有很好的消毒效果。