醫院的污染物主要是有機污染物，醫療垃圾和微生物污染，
1.全過程控制原則。對醫院污水產生、處理、排放的全過程進行控制。 　　
.2 減量化原則。嚴格醫院內部衛生安全管理體系，在污水和污物發生源處進行嚴格控制和分離，醫院內生活污水與病區污水分別收集，即源頭控制、清污分流。 　　嚴禁將醫院的污水和污物隨意棄置排入下水道。 　　
3 就地處理原則。為防止醫院污水輸送過程中的污染與危害，在醫院必須就地處理。 　　
.4 分類指導原則。根據醫院性質、規模、污水排放去向和地區差異對醫院污水處理進行分類指導。 　　
.5 達標與風險控制相結合原則。全面考慮綜合性醫院和傳染病醫院污水達標排放的基本要求，同時加強風險控制意識，從工藝技術、工程建設和監督管理等方面提高應對突發性事件的能力。
.6 生態安全原則。有效去除污水中有毒有害物質，減少處理過程中消毒副產物產生和控制出水中過高余氯，保護生態環境安全。