(1)結垢腐蝕問題：蒸發過程結垢造成腐蝕，高濃鹽水在較高的鹽濃度下容易出現結垢，且鹽污水呈強酸性或強堿性，溫度高，Cl-，容易造成金屬設備及管道腐蝕。從目前三效蒸發結晶裝置的運行情況來看，第Ⅱ、Ⅲ效蒸發器結垢問題突出，二次蒸汽泡沫大，導致設備傳熱阻力增加，蒸發器生產強度降低，單位蒸汽消耗量大。可采取通過投加酸堿、晶種、阻垢劑等藥劑，創造防結垢腐蝕的反應條件。在膜處理、蒸發濃縮之前，加入石灰或純堿、燒堿進行“凈化”，防止碳酸鈣和硫酸鈣結垢。有條件的地區可以建設自然蒸發設施。

(2)回用過程膜污染問題：回用過程膜產生有機污染在污水回用過程中，進水都含有一定濃度的有機物，目前有機物的膜污染是廢水“零排放”應用中難以回避的問題。可采取的對策建議主要有：深度處理中增加高級氧化措施。活性炭/活性焦吸附。選用耐污染的反滲透膜，如碟管式膜片膜柱。

(3)投資運行成本高：煤化工項目廢水“零排放”投資大，單位處理規模投資達2萬元/(m3?d)，是一般污水處理項目的5倍以上，“零排放”系統總投資一般占整個項目投資10%以上，在一定程度上降低了項目競爭力。煤化工項目廢水“零排放”運行成本高，單位水處理直接成本高達11元/t，全成本34元/t，遠高于目前我國新鮮水價，這也是企業實施“零排放”積極性不高的主要原因之一。解決廢水“零排放”經濟層面問題的主要建議包括：提高水價。目前企業所用工業用水成本為5-10元/t，企業實行“零排放”沒有積極性。提高排污費，提高違法成本。只有當違法成本高于守法成本、企業新鮮水使用成本高于廢水處理回用成本時，才能觸動排污者的切身利益，使廢水處理與回用變為自覺行動，減少廢水排放。政府加快出臺相關政策措施。