確認是否患有乳糖不耐癥有三種檢測方法：

1.氫呼氣測試

在做氫呼氣試驗前12小時須禁食，然后攝入50克乳糖（蠢昌以水稀釋）。如果乳糖不能被消化，那么腸道細菌將分解乳糖產生代謝變化，并制造氫氣與甲烷，通過病人的呼氣，這些氣體可以用氣相色譜儀檢測到。這項試驗需要2到3個小時。果糖吸收障礙也會產生與此相類似的癥狀。

2.糞便酸性測試

這項測試適用于嬰兒神檔敬，因為其他測試對嬰兒有游慎風險而且不太實際。

3.腸道活組織檢查

腸道活組織檢查可以在氫呼氣測試之后進行以便確診。不過，鑒于這項檢查要“侵入人體”，而且也需要高度專業的實驗室來測定乳糖酶及訊息核糖核酸(mRNA)，這項檢查方法一般只用于臨床研究。