濾筒除塵器和濾袋除塵器的構造和過濾原理不同。濾筒除塵器是以硬質的濾材折疊成圓筒形狀，沒有骨架，各濾筒間間距較大；粉塵依靠濾材表面孔徑凈化，不深入濾材內部，濾筒清灰徹底，不會產生二次污染。

濾袋除塵器要先把軟質的濾布縫制成濾袋的形狀，再把它套在做好的骨架上，濾袋分布比較密集；運行時，粉塵會深入濾材里面，依靠濾袋表面建立一層粉塵層來進行粉塵的過濾。

濾筒和濾袋的過濾性能也不一樣

濾筒的透氣性好，不易沾粉塵，而濾袋的表現差一點，透氣性差，也容易沾粉塵，所以在處理濕度高的臟空氣時，要進行處理，防止結露產生“糊袋”的現象，布袋除塵器適合干燥粉塵的處理，對凈化空氣的濕度有要求。此外濾筒除塵器的密封性要好于濾袋除塵器，不易漏風。

從外形和體積上來說，濾筒除塵器的體積更小，重量更輕，組裝也更靈活，占用的空間小；而濾袋除塵器外型龐大，體積笨重，安裝占用的空間也大。濾筒除塵器還有一個優點就是濾筒的磨損小，不用經常換；濾袋除塵器在工作時，來回的摩擦對濾袋的損壞嚴重，需要經常更換。

使用時，濾筒除塵器除塵效率要高于濾袋除塵器，且成本和維護的成本也低于濾袋除塵器，十分適合凈化焊接、打磨時生產的煙塵，是當前工業除塵器發展的主要方向；但濾袋除塵器也有其優勢，它適合微小干燥的煙塵凈化，在處理有爆炸風險和火花的煙塵時安全性也較高。