①電子轟擊源（EI）

EI的優點：重現性好，常用做標準圖譜；靈敏度高，碎片多，質譜圖復雜，可獲得有關分子結構的信息大

EI的缺點：EI離子化方式能量高，不易獲得分子離子峰，故不利于確定分子量；不適合難揮發、熱不穩定化合物的分析

②化學電離法（CI）：化學電離法是通過離子-分子反應來進行，而不是用強電子束進行電離

CI的優點：軟電離方式，MH+強度大，易確定分子量和定量分析；-C鍵不易開裂，易獲得官能團的信息。

CI的缺點：重現性差，一般不用制作標準圖譜；不適合難揮發、熱不穩定化合物的分析

③快原子轟擊離子源（FAB）

FAB的優點：軟電離方式，易獲得分子量的信息；過程無需加熱氣化，適合難揮發、熱不穩定化合物的分析。

FAB的缺點：重現性差，一般不用制作標準圖譜；靈敏度低。

最常用的離子源五種離子源為電子轟擊源（EI）、化學電離源（CI）、電噴霧電離源（ESI）、大氣壓化學電離源（APCI）和基質輔助激光解吸電離源（MALDI）。

電子轟擊源（EI）：EI源是用在氣相色譜質譜上的，是一種“硬電離”。EI源主要由電離室（離子盒）、燈絲、離子聚焦透鏡和一對磁極組成。其主要的工作原理是燈絲發射出具備70eV能量的電子，經聚焦并在磁場作用下穿過離子化室到達收集極。此時進入離子化室的樣品分子在一定能量電子的作用下發生電離，內能較大的離子在與中性分子（如He）碰撞時能夠自發裂解產生更多的碎片離子。所有的離子被聚焦、加速聚焦成離子束進入質譜分析器。

電噴霧電離源（ESI）：ESI源一般是用于液相色譜質譜聯用儀器中，這種電離方式基本不產生碎片峰，故稱為軟電離。其主要的工作原理是：包裹著樣品的溶劑進入電噴霧探頭，通過加著高壓的毛細管，高電壓使得液體表面帶上電荷，溶劑被周圍加熱的氮氣氣化從而揮發，隨著溶劑蒸發，溶劑表面的庫倫排斥力越來越大，引起液滴爆炸，最后生成單個離子進入質量分析器。

大氣壓化學電離源（APCI）：APCI是介于ESI和EI源之間的一種離子源，主要應用于液相色譜質譜聯用儀中，其也是產生(M+H)+或(M-H)-等準分子離子峰，幾乎不產生碎片。其主要的工作原理是：樣品流經熱噴霧器，加熱器輔助樣品分子快速蒸發。電暈針持續放電使得源內O2或N2分子電離，O2或N2離子將電荷轉移給溶劑分子，溶劑離子將電荷轉移給目標分子，最終目標離子進入質量分析器。