生物修復是環境工程領域剛剛興起的一門新技術，用一種或多種微生物來降解土壤中的有機毒物，如農藥、石油烴類和有機磷、有機氯等，使這類物質變成無毒的或變成二氧化碳，這個過程國際上叫“生物修復工程”。目前已成功應用于土壤、地下水、河道和近海洋面的污染治理。

目前在城市河涌整治中，往往重視清淤、駁岸、綠化和截污等表面工程，而不重視底泥和水體生物修復，更不重視河涌生態體系建立，不能從根本上改善河涌水質和自凈能力。

生物修復試驗結果表明，在沒有完全截污的情況下，通過底泥生物氧化和水體生物修復，配合河涌生態修復技術，能有效地消除了水體黑臭，逐步建立河涌潔凈好氧生態系統，提高河涌水體自凈能力。生物修復是城市黑臭河涌治理不可或缺的治理措施。