微生物菌劑主要通過各種微生物菌劑促進(jìn)土壤中難溶性養(yǎng)分的溶解、釋放。微生物菌劑在代謝過程中釋放出大量的無機(jī)有機(jī)酸性物質(zhì)，促進(jìn)土壤中微量元素硅、鋁、鐵、鎂、鉬等的釋放及螯合，有效打破土壤板結(jié)，促進(jìn)團(tuán)粒結(jié)構(gòu)的形成，使被土壤固定的無效肥料轉(zhuǎn)化成有效肥料，改善了土壤中養(yǎng)分的供咐鬧應(yīng)情況、通氣狀況及疏松程度。

增強(qiáng)作物抗逆性在大部分的微生物菌劑中，微生物都有著能夠分泌抗生素類物質(zhì)的作用察簡(jiǎn)首。其中包含的活性酶，對(duì)細(xì)菌有著極強(qiáng)的抑制性，甚至可以將其殺死。因此不僅能夠降低作物病蟲害的發(fā)病率，還能夠提高作物的抗逆性。例如在使用了微生物菌劑之后，農(nóng)作物的抗敗數(shù)寒抗旱甚至是抗倒伏能力都有所增強(qiáng)。同時(shí)還能夠有效的減少一些生理性病害，避免在種植中產(chǎn)生一些不必要的損失。

提高化肥利用率微生物菌劑中含有的微生物大部分都是可以將土壤內(nèi)有機(jī)物質(zhì)分級(jí)的。在分級(jí)有機(jī)質(zhì)的時(shí)候，會(huì)逐漸形成腐殖酸。而腐殖酸又會(huì)和土壤內(nèi)的氮元素相結(jié)合形成一種腐殖酸銨，能夠明顯的降低氮肥流失量。除此之外，還有一些微生物菌劑能夠?qū)⑼寥纼?nèi)已經(jīng)固化的磷鉀肥分解成速效磷鉀肥。從而提高化肥的利用率，不僅降低了肥料投入成本，還能夠避免浪費(fèi)過多資源。