水功能區劃管理保障的措施有以下幾條：

第一條 為規范水功能區的管理，加強水資源管理和保護，保障水資源的可持續利用，依據《中華人民共和國水法》等有關法律、法規，制定本辦法。

第二條 本辦法適用于全國江河、湖泊、水庫、運河、渠道等地表水體。

第三條 水功能區分為水功能一級區和水功能二級區。

水功能一級區分為保護區、緩沖區、開發利用區和保留區四類。

水功能二級區在水功能一級區劃定的開發利用區中劃分，分為飲用水源區、工業用水區、農業用水區、漁業用水區、景觀娛樂用水區、過渡區和排污控制區七類。

第四條 國務院水行政主管部門負責組織全國水功能區的劃分，并制訂《水功能區劃分技術導則》。

第五條 長江、黃河、淮河、海河、珠江、松遼、太湖七大流域以及跨省、自治區、直轄市的其他江河、湖泊的水功能區劃，由國務院水行政主管部門審核后，編制形成全國水功能區劃，經征求國務院有關部門和有關省、自治區、直轄市人民政府意見后報國務院批準。

縣級以上地方人民政府水行政主管部門，應在上一級水功能區劃的基礎上組織編制本地區的水功能區劃，經征求同級人民政府有關部門意見后，報同級人民政府批準，并報上一級水行政主管部門備案。

第六條 經批準的水功能區劃是水資源開發、利用和保護的依據。

水功能區劃經批準后不得擅自變更。社會經濟條件和水資源開發利用條件發生重大變化，需要對水功能區劃進行調整時，縣級以上人民政府水行政主管部門應組織科學論證，提出水功能區劃調整方案，報原批準機關審查批準。

第七條 國務院水行政主管部門對全國水功能區實施統一監督管理。

縣級以上地方人民政府水行政主管部門和流域管理機構按各自管轄范圍及管理權限，對水功能區進行監督管理。具體范圍及權限的劃分由國務院水行政主管部門另行規定。

取水許可管理、河道管理范圍內建設項目管理、入河排污口管理等法律法規已明確的行政審批事項，縣級以上地方人民政府水行政主管部門和流域管理機構應結合水功能區的要求，按照現行審批權限劃分的有關規定分別進行管理。

第八條 經批準的水功能區劃應向社會公告。縣級以上地方人民政府水行政主管部門和流域管理機構應按管轄范圍在水功能區的邊界設立明顯標志。標志式樣由國務院水行政主管部門統一制定，并負責監制。

第九條 水功能區的管理應執行水功能區劃確定的保護目標。

保護區禁止進行不利于功能保護的活動，同時應遵守現行法律法規的規定。

保留區作為今后開發利用預留的水域，原則上應維持現狀。

在緩沖區內進行對水資源的質和量有較大影響的活動，必須按有關規定，經有管轄權的水行政主管部門或流域管理機構批準。

開發利用活動，不得影響開發利用區及相鄰水功能區的使用功能。具體水質目標按水功能二級區劃分類分別執行相應的水質標準。