中國科學院南京土壤研究所（Institute of Soil Science，Chinese Academy of Sciences）位于南京市玄武區北京東路71號，前身可追溯至1930年7月成立的中央地質調查所土壤研究室；1953年1月，中國科學院南京土壤研究所正式成立；2001年3月，成為中國科學院知識創新工程試點行列的研究所之一。

中國科學院南京土壤研究所的重點研究領域為土壤資源與管理、土壤肥力與調控、土壤環境與健康、土壤生物與安全，擁有聯合國糧農組織的特約圖書館和亞洲最大的土壤標本館；土壤與環境分析測試中心是國家質量技術監督局認定的國家計量認證合格單位。作為全球數字土壤制圖計劃亞洲中心、國際氮素行動計劃東亞中心、全球土壤伙伴計劃亞洲中心、全球土壤修復網絡亞洲中心，代表中國在國際土壤學組織以及重大科研行動計劃中持續發揮了主導作用。

截至2018年底，南京土壤研究所共有在職職工306人。其中科技人員223人、科技支撐人員58人，包括中國科學院院士2人，中國工程院院士1人，研究員及正高級工程技術人員64人、副研究員及高級工程技術人員92人。國家杰出青年科學基金獲得者10人。