設置原則：與地表水采樣斷面的相同。

應盡可能和地表水采樣斷面重合，以便數據比較。沉積物采樣斷面一般是指采集泥質沉積物斷面，如水質斷面采不到泥質沉積物時，應根據沉積物的分布圖的下游或上游偏移至泥質區，但必須同時保證所設斷面能充分代表給定河段的水環境特征。如要調查污染源的影響時，應在排污口上游選對照斷面，下游1500m內設若干采樣斷面。