水質改善

水質條件改善是河流生態修復的前提。通過達標排放和總量控制，提倡清潔生產、發展循環經濟以改善河流的水質。目的是提高規劃區水功能區水質達標率，控制入河污染物總量，核準納污能力，控制湖庫富營養化?？刂朴卸居袡C化學品(TOC)和重金屬污染問題。

水文情勢改善

改善水文情勢不僅要保證生態基流，還要考慮自然水流的流量過程恢復，以滿足生物目標生活史的需求。如上述，水文情勢可以用5種要素描述，即流量、頻率、持續時間、出現時機和變化率。

需要消除和緩解的脅迫因子包括：超量取水引起下游河段徑流大幅度下降甚至干涸、斷流；水庫徑流調節造成徑流過程均一化；洪水脈沖效應被削弱；洪水發生時機的改變；洪水持續時間的重大變化等。消除或減緩這些脅迫因子，改善河流水文情勢。修復措施包括：通過水資源合理配置保障生態用水；改善閘壩調度方案；兼顧生態保護的水庫調度等措施。

河流地貌修復

需要消除和緩解的脅迫因子包括：水壩導致的生態阻隔作用；河流渠道化、直線化；侵占河漫灘；堤防的生態阻隔作用；不透水硬質護坡護岸工程；圍湖造田；無序采砂等。

河流地貌修復包括：河流縱向連續性修復；河流側向連通性和河湖、水網的連通性修復；河流形態修復包括平面形態的蜿蜒性、斷面幾何形態的多樣性和護坡材料的透水和多孔性能的修復。

生物群落多樣性恢復

恢復生物群落多樣性和物種多樣性，其對象包括水生生物和陸生生物的恢復。按照河流生態系統整體恢復的理念確定生物群落恢復任務，難點在于如何選擇指示物種。具有操作性的方法是把重點恢復瀕危、珍稀和特有生物物種以及保護和恢復重要生物資源。此外，還應加強土著物種的保護，防止生物入侵。

恢復生物群落多樣性的關鍵是河流棲息地的維護和完善。要充分考慮河流生態系統的易變性、流動性和隨機性，即隨著水文周期變化以及河勢變化引起的棲息地的動態擴展、收縮和變化。還要考慮動物遷徙范圍以及植物隨機分布的影響范圍，以便合理確定生態修復的規劃范圍和生物監測范圍。

在制定河流生態修復規劃時，既要考慮生態系統的完整性，采取綜合而不是單一的修復措施，又要通過對關鍵脅迫因子的識別，有針對性地對上述4類任務進行優先排序，確定修復工程的重點