纖維球濾料的運行與更換，多采用一次性更換作業，即纖維球濾料失效以后統一更換。不建議采用逐漸更換的方法。纖維球濾料的使用壽命與運行環境有關，包括水的溫度，酸堿性以及每天的處理水量。例如，在堿性環境下，改性纖維球濾料的使用壽命會大大縮短；在同樣的設備條件下，反洗頻繁的纖維球濾料要比反洗頻率低的的纖維球濾料使用壽命長等等。