企業集團治理的特征源于其組織結構的多級法人制，同時，成員企業的利益服從于企業集團整體利益的需要，企業集團的治理自然有其特殊之處，但它也具備單體公司所共有的治理問題。基于企業集團組織結構背景，以母公司為主導的企業集團，在治理的客體及范圍。治理的方式以及治理效果等方面都同單一企業的公司治理有所差異。

從治理的對象和范圍來看，企業集團治理的客體更為寬泛，對于單體企業而言，其治理邊界與其法人邊界相同，即治理活動僅限于其自身的法人邊界之內而在一個多法人聯合體的企業集團當中，公司治理的邊界要明顯廣于公司的法人邊界。尤其是處于支配地位的母公司對子公司或者對在某種程度上依賴于母公司的其他關聯性公司也具有一定程度的控制權的情況下，就不能用單一公司的治理邊界來說明與之對應的權責關系，這也是法人人格否認的立法基礎。同時整個企業集團的治理又呈現出一種雙重性，集團內部各成員企業分別有各自的治理結構，即對單體企業而言，有內部與外部治理之分。但在集團內部各成員企業之間，尤其是母子公司之間則還存在著中間治理結構，通過中間治理使得母公司的治理邊界得以延伸。

公司治理結構是為了解決代理人問題提供了相互制衡的組織機構。而與此同時，還需要通過以此為基礎的治理機制，或治理方式來實施，一般就單體企業而言，通常存在兩種治理機制、激勵機制和監督機制。通過這兩種機制促使代理人努力工作降低代理成本；避免機會主義等道德風險行為。而對于多法人聯合體的企業集團而言，處于一元中心地位的母公司不僅要解決子公司的代理問題同時還面臨對各成員企業的控制和利益協調。因此，在企業集團當中，除了激勵和監督機制之外，治理的方式還應包括控制與協調，其中，控制以股權為基礎。

由于在集團內部各成員企業之間呈一個層級體系。因而其董事會的構成也表現出一個層級關系，其中，母公司的董事會位于頂層，是集團的戰略管理中心而子公司的董事會則是集團的戰略實施單位。母公司通過向子公司派遣董事，實現對子公司的戰略控制，這也是母子公司之間關系協調的一個重要手段。同時，母公司向子公司派遣監督人員以加強資本、人事和財務的控制，如財務總監。而對于特大型國有企業集團，作為股東的國家還向其派駐稽查特派員，這些都與單體企業的治理不同。

就經理人員的代理問題而言，由于母子公司的股東隨股權結構表現出一種層級性，即母公司的經營者要將其所有者委托的一部分經營權再委托給子公司的經營者從而使子公司的經營者與其母公司的所有者之間的代理鏈條拉長，形成一種多重委托下的代理問題。在整個企業集團內部，即使母公司對其下屬的各個子公司的經理人員能夠進行較為有效的監控，但與單體企業相同整個集團的最高經營決策層仍得由股東進行治理，股東始終都是最終的監督者，所不同的是企業集團較單體企業加大了其股東信息不對稱的程度，這就使得企業集團的最高經營決策層有更多的機會從其自身利益出發，加大道德風險的可能。同樣，控制權爭奪也很難對集團經營者起到應有的治理作用，其原因主要是外部投資者與公司的股東一樣也面臨著較單體公司嚴重的信息不對稱。

由于企業集團尤其是大型國有企業集團的競爭地位比較穩定，倒閉的可能性較小，比較容易維持長期的雇傭關系以及存在著較大的晉升空間和較大的訓練范圍。這些對員工及子公司經營者的激勵作用都與單體企業有所不同。最后，我國國有企業集團尤其是國有大中型企業集團相當數量的已經實行了授權經營，從而形成政府、所有者、母公司、子公司的委托代理關系。其中，母公司作為子公司與政府之間的一個界面公司，對子公司行使出資人的職責。所以，對于母公司與政府而言，其間存在的所有者缺位，行政干預過多較之母子公司之間更為嚴重。因此，集團當中子公司治理機制的完善與否在一定程度上取決于母公司。