1、共享引物PCR（Shared primer PCR）：用3條引物來擴增兩種不同的DNA序列，其中一條引物與兩種DNA序列都互補，這條引物與另外兩條引物分別組成兩對PCR引物。又稱引物競爭法PCR。

2、多重PCR：在一個反應體系中使用一對以上引物的PCR稱為多重PCR。其結果是產生多個PCR產物，用于檢測特定基因序列的存在或缺失。

3、不對稱PCR（Asymmetric PCR）在PCR中加入的上、下游引物量不同，一般為100：1，在前10~15個循環中產物為雙鏈，當低濃度引物消耗盡后，高濃度引物介導的PCR就會產生大量單鏈DNA。用于產生大量單鏈DNA可用于測序。

4、錨定PCR（Anchored PCR）：以mRNA為模板，用oligo（dT)或與mRNA互補的寡核苷酸作引物，在cDNA3`端加上polydG作錨位，用poly(dc)作錨引物，進行PCR擴增。可用于僅知一端順序，另一端未知，或多變的DNA擴增。

5、反向PCR：是用反向的互補引物來擴增兩引物以外的DNA片段，對某個已知DNA片段兩側的未知序列進行擴增。可對未知序列擴增后進行分析,如探索鄰接已知DNA片段的序列；用于僅知部分序列的全長cDNA的克隆,擴增基因文庫的插入DNA；建立基因組步移文庫。

6、彩色PCR（color PCR )：用不同的熒光物質標記PCR引物的5’端，擴增產物可發出不同的熒光。 7、原位PCR：原位聚合酶鏈式反應（In Still PCR,Is－PCR）是由Haase等于1990年首創。它是利用完整的細胞作為一個微小的反應體系來擴增細胞內的目的片段,在不破壞細胞的前提下,利用一些特定的檢測手段來檢測細胞內的擴增產物。

8、定量PCR（quantitative PCR）：以外參或內參為標準，通過對PCR終產物的分析或PCR過程的監測，對PCR起始模板量的定量。基本原理：將目的基因和一個單拷貝的參照基因置同一試管? PCR ? 電泳得兩條區帶?比較兩區帶的豐度或引物標上標記物?檢測放射性或熒光強度。 9、差異顯示PCR（DD-PCR）：是目前應用最多的開放的DGE技術, 它是1992 年Liang 和Pardee 在Welsh 等人建立的AP-PCR 方法基礎上建立起來的。其基本原理是將細胞中的mRNA 逆轉錄為cDNA, 利用不同的錨定引物與隨機引物組合,對cDNA 進行PCR 擴增、電泳顯示差異基因,再經二次PCR 擴增后, 進行克隆及測序。與其他DGE 技術相比, DD-PCR 具有簡單易行、靈敏度高、所需起始材料少及可以同時進行多樣本間的比較等優點, 但也存在假陽性較高、重復性差及確證耗時費力等缺陷。

10、重組PCR（Recombinant PCR）：PCR參與的體外基因突變過程稱之為重組PCR。設計合成帶突變的引物→PCR擴增。