甘薯淀粉生產過程中要產生大量的廢水，廢水消化處理可采取減排法，通過循環利用，提高水的利用率，減少排放量。通過設計科學合理的工藝流程，使不同潔度的水用于不同需要，精加工廢水用于粗加工的洗滌和分離，必要時增加過濾和沉降設施；土地吸納直接澆灌法，是將廢水直接排放到閑茬秋翻地，通過土壤吸納和微生物降解等過程，為下一茬作物提供土壤的肥力積累；蓄納降解法，是將廢水用水池蓄納起來，讓其自然降解后，再用于農田灌溉；建立污水處理系統，此法運轉成本高，對于小型企業和農戶難以采納。

甘薯在生產淀粉過程中同時產生大量的薯渣，由于薯渣里含有豐富的膳食纖維（一般含25%～30%），利用薯渣提取膳食纖維可以變廢為寶，提高甘薯資源的綜合利用率，增加農民收入，其工藝流程為：薯渣（干粉）→粉碎→α-淀粉酶水解→堿處理→酸處理→糖化酶水解→過濾→洗滌→烘干→粉碎、過篩→成品。