大氣污染主要是通過三條途徑危害生物的生存和發育的：

使生物中毒或枯竭死亡

減緩生物的正常發育

降低生物對病蟲害的抗御能力

植物在生長期中長期接觸大氣的污染，損傷了葉面，減弱了光合作用；傷害了內部結構，使植物枯萎，直至死亡。各種有害氣體中，二氧化硫、氯氣和氟化氫等對植物的危害最大。大氣污染對動物的損害，主要是呼吸道感染和食用了被大氣污染的食物。其中，以砷、氟、鉛、鉬等的危害最大。大氣污染使動物體質變弱，以至死亡。大氣污染還通過酸雨形式殺死土壤微生物，使土壤酸化，降低土壤肥力，危害了農作物和森林。